El correcto funcionamiento de la Reserva Natural Vaquerías es una de las prioridades de la Universidad Nacional de Córdoba.  En el año 2009 se elaboró el Plan de Manejo de la Reserva Natural Vaquerías, en el año 2010 el Plan de Manejo es aprobado por el HCS de la Universidad y en 2011 se asignaron fondos para el desarrollo de acciones prioritarias de conservación en la Reserva, entre otras cosas, la contratación del guarda-parque Joaquín Piedra Buena. Es así que actualmente la UNC se encuentra con el desafío de revertir los impactos ambientales generados sobre la Reserva y su zona de influencia, tales como: invasión de especies exóticas, retracción de bosque nativo, incendios,  construcción de caminos con derrumbes y erosión de suelos, restauración de sitio degradado por explotación minera, incremento de la afluencia de visitantes, entre otros.

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Los científicos podemos contribuir recopilando información existente y generando nueva información científica con el fin de desarrollar planes de acción efectivos para abordar cada una de éstas problemáticas y así convertir a la Reserva Natural Vaquerías en un ejemplo importante en materia ambiental y académica al servicio de la comunidad. Esta información a su vez puede contribuir al conocimiento científico más global como un caso de estudio.